Почитание святого старца Феодора Томского не прекращалось после его блаженной кончины, но с каждым годом ширилось и крепло. Первоначально на могиле старца и в его келье служились регулярные, а со временем и ежедневные панихиды. В день его преставления ежегодно в монастыре совершалось особенно торжественное заупокойное богослужение при большом стечении людей. Его могила и келья сделались местом паломничества множества людей из самых разных слоев общества.
Известно, что в 1891 году во время своего пребывания в Томске могилу старца неофициально посещал будущий император, а тогда цесаревич, святой страстотерпец Николай Александрович. Ранее, в 1873г могилу и келью старца Феодора посетил великий князь Алексей Александрович. Среди прочих посетителей – военный министр А.Н.Куропаткин, министр путей сообщения князь М.И.Хилков, статс-секретарь Куломзин, главнокомандующий русской армией на Дальнем Востоке генерал Линевич.
Царь Николай Второй приезжал сюда, хотел на месте кельи начать возведение каменной церкви и детского приюта. Благословение на строительство было получено от отца Иоанна Кронштадтского. Однако первая мировая война и Октябрьский переворот помешали осуществлению этого проекта.
Успели, однако, построить часовню на могиле старца. Томским архитектором Викентием Оржешко был создан проект часовни над могилой старца. Он был одобрен 11 июня 1903 года томским губернатором С. А. Вяземским и епископом Томским и Барнаульским Макарием, который собственноручно написал на проекте: «По настоящему разрешается устроить памятник на могиле старца Феодора». Возведение ее благословил в 1903 году настоятель Богородице-Алексиевского монастыря архимандрит Иона. Пожертвования собирали в Томске и близлежащих селах — отказа ни от кого не было и 16 августа 1904 г. её торжественно освятили. Когда начали рыть фундамент под часовню, частично вскрылась могила старца. Как засвидетельствовано настоятелем монастыря в присутствии подрядчика Леднева и архитектора Оржешко, мощи старца остались нетленны… При осмотре могилы Великого Старца оказалось, что каменный склеп уцелел отлично. Доски, покрывающие этот склеп, также оказались целыми. Но одна из них провалилась, упала на гроб и проломила крышку последнего. Так как нужно было исправить повреждение и плотно закрыть гроб, то приподнята была крышка и при зажжении восковой свечи был усмотрен остов человека, голова которого покоилась на подушке. Подушка эта истлела. Голова же, склонённая несколько на левую сторону, обрисовалась весьма ясно. Волосы на голове и бороде сохранились в целости: цвета они белого, то есть седые. Борода волнистая — протянулась широко на правую сторону. Явственно обрисовались также ноги, обутые в башмаки; башмаки эти носками своими загнулись и, кажется, истлели. В 1936 году часовня была разрушена.
Частица мощей имеется в храме Александра Невского в Новосибирске.
В 1997 году была восстановлена часовня над могилой старца.
Часовня Феодора Томского в наше время
Ежегодно память святого праведного Феодора совершается в обители в день его преставления 2 февраля (20 января по старому стилю) и 5 июля в день обретения честных его мощей, а также в Соборе сибирских святых 23 июня. В течение года каждый воскресный день по завершению Вечерни в монастырском храме соборно служится акафист праведному Феодору Томскому, по окончанию которого священник помазывает богомольцев освященным маслом из лампады, горящей перед гробницей Святого.